南北朝至元朝
中土佛教异端教派
主要有南北朝时期的大乘教、弥勒教，南宋初年出现的白云宗、白莲宗。至于明代中叶出现的罗教、无为教、大乘教等，同样受到了佛教及其异端思想的深刻影响。
南北朝时期，大量弥勒上生、下生经典在中土被翻译、传播，弥勒净土信仰为社会各阶层信奉，其内容主要分为两个方面：一是弥勒由凡人修行而成菩萨果，“上至兜率陀天”；二是弥勒菩萨从兜率天下生阎浮提世，于龙华树下成就佛果，三行法会，救度世人。
弥勒净土观念很快为广大僧俗所接受。继释迦牟尼佛后出世的弥勒佛，成为慰藉人们心灵至尊之神，尤其是为那些生活在社会底层的民众带来了新的希望——或者说是埋下了祸乱的种子。清代学者朱一新说：“佛法初入中国，亦但言祸福报应，盖愚民无不畏死者，王公贵人，尤无不贪生者，僧徒故以此惑之。异端之得行其教，大率由此。”又说：“异端以虚无立说，其弊固不胜言矣。”
弥勒净土信仰传入中国后，首先得到了社会上层的信奉，他们耗费大量的人力物力，雕造了为数庞大而精美的弥勒佛造像。这种狂热信仰也深深影响了下层社会，当时社会上大量出现一种由出家僧尼和住家信徒结合而成的组织，称为“邑”、“邑义”、“法义”或“邑会”等，主要活动就是建造佛像。社会财产的大量耗费，成为引发当时社会危机的重要原因之一，而弥勒信仰的普及，又与南北朝时期众多沙门举旗造反或是人们打著佛教旗号造反的事件发生联系。
其中最著名者为冀州沙门法庆的起事，法庆以勃海人李归伯为十住菩萨、平魔军司、定汉王，自号“大乘”，号召“杀一人者为一住菩萨，杀十人为十住菩萨。”他们还制作一种“狂药”，令人吞服，以至服药者“父子兄弟不相识，唯以杀害为事”。旋即杀阜城令，破勃海郡，杀害官吏，并且一路上屠灭寺舍，斩戮僧尼，焚烧经像，说是“新佛出世，除去旧魔”。后来北魏派元遥“帅步骑十万以讨之”，法庆率众连战连败，最后被擒斩。
法庆根据当时流传的《佛说法灭经》中有关“魔作沙门，坏乱佛法”的说法，提出“将来有弥勒佛，方继释迦而降世”以及“新佛出世，除去旧魔”的口号。所谓“新佛”，就是指将要从兜率天宫下降尘世的弥勒佛，而旧佛当然是指释迦佛和当时流行的佛教。在他们看来，除魔乃是最好的修行。本来，佛教戒律森严，尤戒杀生。而法庆等人则歪曲佛教的教义，以杀人为度人，杀人越多越好。
法庆起义的意义在于，借用佛教异端学说为叛乱工具，对后世以弥勒信仰为核心的秘密教门及邪教的活动产生了深远影响。但是我们必须指出，所谓以“新佛出世，除去旧魔”为口号的造反活动，虽然在一定程度上得到了要求改变现状的下层人民的拥护，但法庆以佛、菩萨自居，野心勃勃，而且使用幻术，配制“狂药”，令人服用，以达到“父子兄弟不相认，以杀人为事”的效果，显然带有很大的欺骗性与邪恶性，后世有些邪教的行径与之如出一辙。而且，据史料记载，法庆与女尼惠晖结为夫妇。
尽管弥勒教、大乘教的组织、演变情况由于史料的缺乏而难以钩稽出一条明确的线索，但在南北朝至隋唐时期，显示弥勒信仰的异端及造反事件却多有记载。从法庆起义直至唐末，打著弥勒下生、“白衣天子”旗号的民众造反活动不绝于书。
有学者统计，打著弥勒旗号的造反，从隋炀帝大业六年（610）起，至元顺帝至正十一年（1315）止，前后约七百四十年。这个在民间流传的佛教信仰对社会政治变动的影响竟是这样既深且远。一直到明清时期，统治阶级对弥勒佛的谣言还是胆战心惊，严加禁止和镇压。明律规定：凡妄称弥勒佛等会，一应左道乱正之术，煽惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千裏。清律因之。
从白莲宗到白莲教
白莲教萌芽于佛教异端白莲宗，白莲宗由南宋茅子元创立，所奉为慧远发端的弥陀净土信仰。元代果满《庐山复教集》云：东晋太元六年，慧远率弟子至庐山立精舍修行，建寺东林，“同修净业，念佛为宗，十八贤为上首。乃种白莲花，以显佛性清净无染故，缔盟立誓，期生净邦，因名白莲社焉”。慧远提倡的是“弥陀净土法门”，以“思专想寂”四字为念佛秘要玄观，宣称人死后可往生西方净土，故慧远被后世净土宗尊为初祖。
弥陀经典虚构了一个美妙无比的西方极乐世界，还绘制了一个理想的现实社会的图景。尽管当时其它佛教宗派也有类似的描绘，但他们却主张通过“苦修”、“禁欲”、“摄心”等法来成就佛果，净土宗则为普通民众开了方便之门。唐代善导最终确立了口称念佛之法，又叫“持名念佛”。以至有人说净土宗“下手易而成功高，用功少而得效速”，缺少文化、没有地位的下层民众深受影响，许多地方出现“家家阿弥陀”、“户户观世音”的景象，并在后世中国社会一直盛行不衰。
两宋之际，社会风习在佛教信仰领域大致有两种趋势，一是正统，一是异端。当时，佛堂念会极为普遍，不仅如此，佛教结社也极为盛行，如南宋杭州昭庆寺释省常立净行社，东山承天寺释本如立白莲社，霅川（今湖州）宝藏寺释齐玉立净土念佛会，松江超果寺释灵照立净土会等。但是这些佛会都是上层人士参与的的念佛会（文人学士加入其间，更兼有诗社性质）。这种佛教结社之风到元明时期也未稍减。如吴自牧叙述杭州佛事盛况：“奉佛老有上天竺光明会……其余白莲、行法、三坛等会，各有所分也。”
念佛往生极乐世界也是众多百姓的终极目的，但他们不可能插足上层净业团社。正是在这种状况下，白云宗、白莲宗应世而出，它满足了下层民众信仰上的要求。北宋末，孔清觉创立佛教异端组织白云莱。据载：“白云莱者，徽宗大观间，西京宝应寺僧孔清觉居杭之白云庵，立四果、十地，造论数篇，教于流俗，亦曰十地莱。”白云宗创立后曾遭到当局禁断，但未能禁绝。
正是在这样的氛围下，南宋初年，江南出了一位上承佛门正统、下开佛门异端的著名人物，即吴郡沙门子元（俗姓茅，一般作茅子元），他适应下层群众的信仰需要，创立了净业团体白莲忏堂，在下层民众中收徒结社，徒众半僧半俗，男女可共同修持。
茅子元在淀山湖创立的白莲忏堂，被人称作白莲宗，他自称“白莲导师”，其传教对象主要是下层民众。白莲宗的教义实际上是糅合了净土宗、禅宗适合民众口味的成分，“念念弥陀出世，处处极乐现前”，弥陀即为众生本性，净土即在众生之心，只要“信愿念佛”，即使“不断烦恼，不舍家缘，不修禅定”，死后皆可往生净土。
这些在家修行、甚至包括“男女同修净业”的内容遭到了佛门正统的攻击，如《佛祖统纪》的作者志磐直接指称为“邪教”，他说：“（白莲宗）谨葱乳、不杀、不饮酒，号白莲莱。受其邪教者谓之传道，与之通淫者，谓之佛法。相见傲僧慢人，无所不至。愚夫愚妇，转相诳诱，聚落田裏，皆乐其妄”。
释宗鉴更是认为，白莲宗与摩尼教、白云宗三者“皆假名佛教以诳愚俗……愚民无知，皆乐趋之，故其党不劝而自盛。甚至第宅姬妾，为魔女所诱，入其众中，以修忏念佛为名，而实通奸秽，有识士夫，宜加禁止”。按他们的立场来看，白莲宗显系邪教、异端。
在元代，白莲宗几经沈浮，但由于元朝宗教政策的相对宽松，仍然发展迅速，白莲忏堂大量出现，信徒众多。据刘埙《水云村泯稿》记载：“南北混一，盛益加焉，历都过邑无不有所谓白莲堂者，聚徒多至千百，少不下百人，更少犹数十。栋宇宏丽，像设严整，乃至与梵宫道殿匹敌，盖诚盛矣。”吴澄《会善堂记》亦云，其教“历千年而其教弥盛，礼佛之屋遍天下”。
正所谓物极必反，由于元朝宗教宽容政策的鼓励，白莲宗才出现“南北混一，盛益加矣”的现象，才会演变出以后的白莲教。我们谈白莲教的形成，首先要看到白莲宗的分化演变，即由“宗”演变为“教”。
元代白莲宗势力虽然有很大发展，但并没有形成统一的宗教组织。而且，由于各地发展的不平衡，由于教内各类人群所处的经济地位不同，追求的目标不同，白莲宗产生了严重分化，呈现出截然相反的两种发展趋势。其上层教首随著社会地位与经济地位的提高，开始勾通官府，跻身于社会上流。这些教内上层分子仍然以白莲宗正宗流裔自居，恪守茅子元时期的教义，政治上亦采取与元当局合作态度。
另外有很大一部分人由于经济地位低下，身受民族与阶级的双重压迫，遂走上了反抗元政权的道路。从支持元政权到反抗元政权的转变中，最明显地体现就是在其所奉教义的转变，他们背离弥陀净土信仰，吸收利用弥勒救世信仰，茅子元倡立的白莲宗，是从阿弥陀佛净土宗和天台宗融合并分化出来的，在教义上不同于弥勒净土一派，没有弥勒救世信仰。因此，白莲宗的上层，便对这种引进了弥勒救世信仰的白莲宗（会）大加训斥。认为这是一种“迷失宗旨”、“不遵教典”的行为，“实法门中一弊事”，斥之曰：“误人误己，堪可悲哉。”元末，弥勒救世信仰在下层白莲宗（白莲会）中更为流行，而这正是它能够与信奉弥勒救世信仰的弥勒教和“香会”相融合的原因。
弥勒信仰之“渗入”白莲宗，是在元末农民大起义的浪潮中最终实现的。南北朝时，出现佛教异端弥勒教，其后数百年间，主要在民间流传，并不断有人借以造反。两宋时，弥勒教与摩尼教出现融合趋势。这些教派倡言“释迦佛衰，弥勒佛当持世”，对拥有广大下层民众的白莲宗影响甚大。
有学者认为，白莲教形成后，仍保留了弥勒教信仰的理论框架：“（白莲教）尽管保留了若干阿弥陀佛教的特征，如背诵咒语的仪式、愿升极乐净土的希望和对菩萨保佑的祈求等等，但整个教派的宗教神话的理论结构是弥勒教的”。
不仅如此，白莲宗在朝白莲教的演变路上，确实表现出种种败坏宗风的“邪行”，白莲宗正统东林寺僧普度在上朝廷的《上白莲宗书》指出其“十不应”，主要有：“传授邪言，夜聚晓散”、“密付生死，误人性命”、“妄谈般若，乱说灾祥”、“妄撰伪经”等。从普度所说的“十不应”来看，不难想像，很多白莲会在元中叶有很多已经演变得与秘密教门、邪教差不了多少。
元末，佛教异端白莲宗几经沈浮，终于演变成在下层社会广为流传的异端组织白莲教。其传教方法是“假借谶讳符箓，焚香诱众”，宣称“弥勒佛降生，明王出世”，又编造“天谴魔军杀不平，杀尽不平方太平”“控了石佛眼，当时木子反”等歌谣，鼓动人心，引发元末农民大起义。
可见，白莲宗与白莲教是一个事物的两个方面，白莲教与白莲宗有源同流分的关系，其本质区别在于前者已经不容于当时的统治者和居于正统地位的佛教。在元末以前，白莲宗与白云宗、弥勒教还都是独立的教派。但是，由于它们长期以来都是在下层群众中秘密流传，因而互相接近，互相渗透。到元末，阶级矛盾与民族矛盾的激化，这些在民间秘密流传的异端教派，便进一步融合。
最后，我们要说明，白莲教虽然在元末农民大起义中形成，但它始终没有形成一个完整的宗教或组织，只是成为后世种种教门、邪教的代名词或曰一种历史现象而已。
明朝
从中国邪教发展的总体情况看，元末白莲教正式形成以前出现的种种“邪教”、“妖贼”、“吃菜事魔”等类，多为与社会现实格格不入的宗教异端，以及一些打著宗教旗号的民间秘密教派、迷信团体。白莲教形成后，比较正规意义上的邪教开始出现，无论它们是崇道还是奉佛，也无论他们“安分守己”与否，他们的组织、经卷、教义和活动都与现实社会秩序不相吻合。
我们如果重视他们的信仰层面，可以称之为民间宗教；如果重视他们的反政府活动（或谓农民战争），可以称之为秘密宗教；如果重视他们的反社会层面，就不妨直呼为“邪教”。邪教的内涵是动态的，它在积聚到一定的势力后，往往走上反社会、反政府的道路。
明清邪教十分活跃，有三个比较显著的特点，其一，教派林立，名目繁多，分布范围广泛；其二，以弥勒佛（白莲教系统）和无生老母（明末以后的众多邪教）为核心，信仰多元化；其三，邪教的反社会、反政府活动突出，政府的禁止、镇压措施日趋严厉。
元末农民起义由相互混合的白莲教、弥勒教和明教等秘密宗教发动，这些秘密宗教倡导弥勒下生、明王出世之说，便于起义者用以号召群众起来造反，推翻旧政权，开辟新天地，因此成了元末起义者用以发动斗争的武器。元末风起云涌的农民战争，推翻了颟顸虚弱的蒙元帝国，造就了一个崭新的大明帝国和一个起于下层的新帝王。
朱元璋起初由一介平民参加“邪教”发动的造反时，对白莲教、弥勒教和明教等秘密宗教是颇为信奉的。但为时不长，随著其军事势力的增大，他的政治立场逐渐发生变化，逐渐向封建统治者方面转变。与这一变化相适应，他对易于被用来发动起义的秘密宗教（或曰邪教）的态度，也一天天地由信奉而转为疏远，以至转为反对了。
朱元璋作为一个有政治头脑的人，深知民间教派对现行秩序为害之烈，如蚁穴溃堤一般。元至正二十六年（1366），朱元璋在著名的讨张士诚檄文中，明确攻击白莲教：“愚民误中妖术，不解偈言之妄诞，酷信弥勒之真有，冀其治世，以苏其苦，聚为烧香之党，根据汝颖，蔓延河洛。妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，茶毒生灵，无端万状。”这裏，他把原先曾信奉的白莲教及弥勒教、明教等秘密宗教骂为“妖言”、“妖术”，表现了其深恶痛绝的态度。
朱元璋在正式建立明朝后，即以峻法严刑治理邪教。朱元璋登基不久，便明令禁止各民间教派的活动：“中书省臣奏：……白莲社、明尊教、白云宗，巫觋扶鸾祷圣书符咒水诸术，并加禁止。庶几左道不兴，民无惑志。诏从之。”
稍后出现的《大明律》更以法律的形式将此项禁令固定下来：凡师巫假借邪神，书符咒水，扶鸾祷圣，自号端公太保师婆，及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道乱正之术，或隐藏图像，烧香集众，夜聚晓散，佯修善事。煽惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千裏。
洪武二十七年正月，朱元璋令礼部榜示天下：“有称白莲、灵宝、火居，及僧道不务祖风，妄为论议沮令者，皆治重罪”。但是白莲教等教派活动并没有止息，它贯穿著有明一朝，遍布大江南北，构成了整个明代最为严重的社会问题之一。
明代的白莲教从整体上已不具备南宋茅子元创教时期的特点，应该说是传统与非传统相掺合。传统的一面，主要体现在白莲教的宗派上。茅子元“尝发誓言，愿大地人普觉妙道，每以四字为定名之宗”。
很多地区白莲教的“普”字法名即传自原白莲会的“普觉妙道”四字宗名，这种情况在明朝的多起白莲教起事中都有披露，如洪武十二年四川眉县白莲教彭普贵起事，同年四川嘉定（今乐山）白莲教彭普贤起事，宣德七年河北井陉白莲教张普祥谋乱，弘治十年京畿郑村坝白莲教刘普善作乱，等等。无论朝廷如何严厉镇压，“正宗”白莲教的血脉总能代代流传。
至于非传统的因素可能更多一点。元末以后的白莲教从整体上已不具备南宋茅子元创教时期的特点，与元普度复教时的信仰也大相径庭。如果谈论明代的白莲教，就历史传统而言，它仅具其名而不具其实了。从绝大多数教派的活动中，弥陀净土信仰的色彩渐渐褪去，几乎都信仰起弥勒救世观念，从白莲教起事的众多案子可以看出，他们都打著“弥勒佛”的旗号，“以妖言惑众”。
例如：洪武六年四月，“湖广罗田县妖人王佛儿，自称弥勒佛降生，传写佛号惑人，欲聚众为乱。官军捕之；洪武十九年五月，福建将乐县阳门庵僧彭玉琳，改名“全无用”，云游至江西新涂县，“自号弥勒佛祖师，烧香聚众，作白莲会”；永乐十八年（1420年）十一月，河北真定府曲阳县白莲教头杨得春、蔚满圈“用妖术妖书、符咒惑众，聚无赖，号五百罗汉，谋作乱”；万历十七年（1589）四月，广东始兴“妖僧”李圆朗与翁源人王子龙“作乱”，王自称弥勒降生，所部“犯南雄，有司讨诛之。”
而且，白莲教也不仅仅作为下层民众反抗封建政权的组织形式，它表现出的形态要复杂得多。众多的白莲教支派从来没有统一过，它们从活动内容、方式到对统治者的态度往往各有千秋。一些支派仍被民众用为对抗现行秩序的工具；一些支派则在“邪路”上越走越远，导致明中叶后诸多邪教的产生；一些教派的首领则发生蜕变，把白莲教作为敛钱致富和实现政治野心的工具加以利用，甚至走向社会上层；还有一些白莲教派，在“边寇”窥视中原时，充当奸细，沦落为民族败类。
虽然明代白莲教的组织因为环境压迫而显得十分松散，但它在教义方面，毕竟有一个信仰核心，就是宣扬弥勒佛出世，当主世界，号召教徒起来反对现存政权，建立新政权。在传教方式上，多采取神秘方式，或聚众烧香，或写佛号、传谶语、撰“妖词”，或以幻术相引诱，如撒豆成兵、剪纸人纸马相战斗。
在朱元璋、朱棣统治的半个多世纪中，香会、红巾军、白莲教团因袭抗元传统，揭竿起事，涉及面几达半个中国。其中影响最大的当推永乐十八年（1402）山东康赛儿的起事。史书称唐赛儿藏“妖书”、宝剑，通晓诸术，“以其教施于村裏，悉验，民翕然从之”。
明朝中、后期，一方面生产力水平有所提高，社会财富比以前积累得更多，而另一方面封建社会中固有的地主与农民的阶级矛盾，却日益激化。土地兼并日甚一日，地租与赋税剥削越来越重。政治上日益黑暗，贪官污吏横行，地主阶级生活骄奢淫逸，广大农民则纷纷破产，沦为流民。内政的腐败，导致边防的废弛，边患因之经常发生。正是在这样的社会危机中，种种民间教派，包括邪教，滋生蔓延，并不时竖旗举事。
如万历年间，“蓟州人王森得妖狐异香，倡白莲教，自称闻香教主。其徒有大小传头及会主诸号，蔓延畿辅、山东、山西、河南、陕西、四川。森居滦州石佛座，徒党输金钱称朝贡，飞竹筹报机事，一日数千裏。万历二十三年，有司捕系森，论死，用贴得释。乃入京师，结外戚中官，行教如故。后森徒李国用别立教，用符咒召鬼。两教相仇，事尽露。四十二年，森复为有司所摄。越五岁，毙于狱。”至天启年间，王森的信徒巨野徐鸿儒、武邑于弘志分别于今山东、河北发动武装起义，均遭明政府的残酷镇压。
明中叶后出现的各类邪教教派（包括上述闻香教）往往延续至清朝甚至民国。
关于清代邪教的活动情况。在现代近几年的学术界的研究中，超过颇丰，这裏仅作一个简要的勾勒。
如果说明中叶以后出现的诸教派是种子的话，那麽到了明末清初则开始遍地发芽。明末清初是民间教派的活跃时期，因为当时社会出现了大动乱。明末，一些有识之士认为民间教派是对明王朝的严重威胁，不加遏止，势必星火燎原，如刑部侍郎吕坤在万历二十五年就曾奏称：“白莲结社，遍及四方，教主传头，所在成聚。倘有招呼之首，此其归附之人。”
明朝政府，虽然屡屡明令禁止‘“邪教”，无奈国家内忧外患，社会动荡不甯，在在昭示著大乱将至。吕坤在同一奏折中说：“今天下之势，乱象已形，而乱势未动”。他分析自古以来有四种“幸乱之民”：一是“无聊之民”，二是“无行之民”，三是“邪说之民”，四是“不轨之民”。其中“邪说之民”就是指的上述“白莲结社”之辈。可以说，明末农民大起义正是上述四“民”交相运动的结果，而“邪说之民”在其中又占了相当比重。
清政权入主中原不久，就遇到了“邪教”这个令前朝统治者头疼不已的重大社会问题。为了维护和巩固刚刚建立起来的统治秩序，清廷决定对“邪教”采取坚决镇压的政策。顺治三年（16仍）吏科给事中林起龙奏请查禁各色教门，其中说：“近日风俗大坏，异端蜂起，有白莲、大成、混元、无为等教，种种名色，以烧香礼忏，煽惑人心。因而或起异谋，或从盗贼，此直奸民之尤者也。”建议朝廷“如遇各色教们．即行严捕，处以重罪，以为杜渐防微之计。”
顺治年间，各地“邪教”活动蜂起，愈演愈烈，且带有反清色彩，实为民族矛盾激烈的结果。面对一股股不可遏止的民间教派反抗的浪潮，顺治十三年十一月，皇帝下旨严禁“邪教”：
“……乃有左道惑众，如无为、白莲、闻香等教名色，起会结党，夜聚晓散。小者贪图财利，恣为奸淫，大者招纳亡命，希谋不轨。无知小民，被其引诱，迷罔颠狂，至死不悟。历考往代覆辙昭然，深可痛恨。向来屡行禁饬，不意余风未敛，堕其邪术者，实繁有徒。京师辇毂重地，借口进香，张帜鸣锣，男女杂糅，喧填街巷，公然肆行无忌。若不立法严禁，必为治道大蠹。虽倡首奸民，罪皆自取，而愚蒙陷网，罹辟不无可悯。尔部大揭榜示，今后再有踵行邪教，仍前聚会，烧香敛钱号佛等事，在京著五城御史及地方官，在外著督抚按道有司等官，设法缉拿，穷究奸状，于定律外，加等治罪。”
由于清朝立国不久，不仅面对著前朝遗留下的一副烂摊子，而且面临著强大的民族反抗浪潮，所以根本无暇对不计其数的邪教穷究根本。至于康熙、雍正时期，两朝皇帝多少带有“与民休息”的味道，对于“邪教”没有采取什麽大的动作，乾隆以后，情形就大不一样了。
仅乾隆、嘉庆两朝，就先后有王伦、林清和李文成及川陕五省“教匪”的大规模起事，至于大大小小的邪教案件，则不胜枚举，仅在中国第一历史档案观所藏档案中，各种名目的“邪教”就有三四百种之多。
清朝
中国史上，曾确定过“邪教”。
清代的伊斯兰教哲赫忍耶派
清朝乾隆皇帝确定伊斯兰新教哲赫忍耶为邪教。俗称血脖子教。
哲赫忍耶，也作“哲合忍耶”等。乾隆时期马明心传人，建立政教合一体制，与老教虎夫耶派的华寺门宦械斗不断，马明心得力弟子苏四十三先是屠杀华寺派一百多人，再屠杀陕甘总督衙门派出的查办人马，随后大暴乱，乾隆皇帝称新教哲派是“邪教”，田五暴动被镇压，清庭禁止它传播，采用乡约民防，没有阻止住它的秘密传播。同治时期前后，第五代教主马化龙和马明心之孙马复初，大力发展哲派势力，策动全国回民暴动，以汉人要洗尽回民的恐怖谣言广泛发动回民，把以前的死敌老教也裹挟进自己的战车，马化龙建国称帝（国号“成正”），导致中国西北地区死亡二千万人口（屠杀一千多万汉人）、并引来新疆阿古柏作乱等，史称同治回乱，是回民和汉人的千古浩劫。马复初之子马元章采用忍耐方法，使得哲派出现了中兴现象。
马汝珩《从海富润案件看乾隆对回族的统治政策》介绍：清朝乾隆确定伊斯兰新教哲赫忍耶（哲合忍耶）为邪教。
清代前期，清廷与回族的关系总体是好的，自哲派传入中国，从乾隆时代到1958年全国宗教改革之前，中国回民的暴动不断，几乎就等于哲派暴动，使中国西北地区长期经受灾难。哲派传入中国，根本地改变了回族与中央政府的关系。了解后来的中国伊斯兰，就不能不了解哲派。1958年全国宗教改革之后，“哲合忍耶”不再是邪教了。
它后来俗称血脖子教。《中国西北哲赫忍耶“束赫达伊”思想的起因》一文说：“‘束赫达伊’之意是‘为主道而牺牲的人’……哲派穆斯林遂将‘束赫达伊’作为自己的重要宗教主张和主导思想，其他教派则称哲派为‘血脖子教’”。
中华民国
“一贯道”发端于晚清，极盛于1940年代。其教义，杂糅儒、道、佛及耶稣教经典，宣称整个宇宙分“红阳”、“青阳”、“白阳”三期，各历一万八千年。目下正值“白阳”期末世，大劫将至，须得信奉“一贯道”，才能消灾免难。
抗战期间，“一贯道”将大量汪伪政权高级官员发展进入组织。民国晚期，邪教组织“一贯道”，甚至一度发展到与国、共两党分庭抗礼的程度。
